olvídate del echo $menu_top, no es necesario, solo pon el include.
El archivo menu-top.php deberia quedar así:
Código PHP:
<?php
include ('db-cnx.php');
$SQL_pregunta_cat = mysql_query("SELECT * FROM Not_categorias ORDER BY Cat_nombre", $db_link) or die(mysql_error());
// Usa echo en el mismo include, no vale la pena meterlo en una variables si luego la vas a imprimir de todos modos
echo "
<ul class='mi-menu'>
<li><a href='http://www.eucaly.tk/'> Inicio </a></li>
<li><a href='http://www.eucaly.tk/blog/'> Blog </a></li>
<li><a href='http://www.eucaly.tk/contacto/'> Contacto </a></li>
<li><a href='#'> Categorias </a>
<ul>";
// Aqui debe ir el ciclo
while($Cat_celda = mysql_fetch_array($SQL_pregunta_cat)){
echo "<li> <a href='?categoria=$Cat_celda[Cat_ID]'> $Cat_celda[Cat_nombre] </a> </li>";
// Cerramos las listas
echo " </ul>
</li>
</ul>
";
?>