Cita:
Iniciado por nuestraskejas 
1) Cada uno de los subdominios debería de tener una ip distinta?
Un subdominio es parte separada de un dominio, pero al fin y al cabo es una carpeta más de un dominio, con un servidor y una única IP, lo que te comentaban es que desde las Herramientas para Webmasters puedes modificar a tu antojo la orientación geográfica al país que quieras para cada subdominio.
Cita:
Iniciado por nuestraskejas 2) A la hora de enlazar en la web a los distintos idiomas en la parte superior (los típicos enlaces (En, Fr, etc), entiedo que no hay que transmitir el PR de la web principal hacia estas en las que no interesa trabajar el posicionamiento por lo que estos enlaces ¿deberían de llebar la etiqueta "nofollow"?
No tiene por qué.