a ver si te entiendo, quieres que los datos se "almacenen" según una de las carpetas que seleccionas, o mejor dicho, sabemos que se guardarán en base de datos obviamente, pero quieres guardan relación con lo que elija el usuario ¿es eso lo que quieres?
en dado caso no necesitas 3 tablas, sino colocar a la tabla un campo adicional donde coloques el nombre de la "carpeta" relacionada.
si no es así, explica mejor