Aunque r tenga un valor aleatorio, igualmente la porción de código mostrada implica al menos 2 elementos con el mismo valor de atributo id.
Y sigo sin entender por qué estás seguro de que en php no se va a poder trabajar con esa estructura.
Código PHP:
<?php
if(isset($_POST['submit'])){
echo '<pre>';
print_r($_POST);
echo '</pre>';
exit;
}
?>
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8" />
<title>ejemplo</title>
</head>
<body>
<form action="<?php echo $_SERVER['PHP_SELF'] ?>" method="post">
<div id="content">
</div>
<script>
for(var i=0,r=1000,l=10;i<l;i++,r++){
document.getElementById('content').innerHTML+='<input value="'+i+'" type="text" name="p_nom[]" id="txtnombre_'+i+'" /><input value="'+r+'" type="text" name="p_ape[]" id="txtnombre_'+r+'" /><br>';
}
</script>
<input name="submit" type="submit" value="Enviar" />
</form>
</body>
</html>