La experiencia y los mensajes de error no mienten, mucho menos PHP te va a engañar, si dice que estás re-declarando una función (ya sea explícitamente o indirectamente) entonces es verdad, ¿o de pensaste que se trataba de una broma?
Lo único que puedes hacer es depurar tu código, no más, posiblemente no incluyas dicho script dos veces a conciencia, pero si algún otro script lo incluye y eventualmente incluyes dos veces también ese script entonces igualmente intentará incluir el otro, etc, etc.
Te sugiero revisar lo siguiente:
http://php.net/manual/es/function.de...-backtrace.php
Con ello deberías depurar en el momento del error, para verificar cual es el stack de ejecución y ver si algo se incluye dos veces (puede que ahí este la clave), de otra forma y a sabiendas de que siempre me escucho mal: no podemos adivinar que haces mal.
PDTA: Muestra el 100% de lo que haces, no solo gotas, así tampoco vamos a llegar a nada.