No te hagas mucho problema, para mí tu código va bien. Una sugerencia. Colocar en config.php solamente elementos de configuración del sitio y retirar la conexión a la BBDD. Ej:
   
Código PHP:
Ver original- // Rutas 
- require_once('Clases/clases.php'); 
- // BBDD 
- define("DSN",'mysql:dbname=mitabla;host=localhost'); 
- // Mensajes del sitio 
Yo no utilizo un mvc estricto, pero tiene algo:   
Código txt:
Ver original- Front/   <-- sería la Vista
 
-    index.php
 
-    archivos.php
 
-    ...
 
- Back/    <-- sería el Controlador
 
-    procIndex.php
 
-    procArchivos.php
 
-    ...
 
- Base/
 
-    config.php
 
-    plantilla.php
 
-    Clases/  <-- podría ser el Modelo
 
-       clBD.php
 
-       clArchivos.php
 
-       clPaginacion.php
 
-       ...
 
-    Css/
 
-       estilos.css
 
-       paginador.css
 
-    Funciones/
 
-       funArchivos.php
 
-       funPaginacion.php
 
-       ...
 
-    Js/
 
-       sitio.js
 
-       jquery.js 
En lo que se refiere al paginador parece que el mío anda por todos lados:   
Código txt:
Ver original- archivos.php
 
-    <formulario>
 
- procArchivos.php
 
-    recibe los datos del formulario
 
-    instancia la clase clArchivos
 
-    $sql = "..."
 
-    // $numPag:pag actual, $limit:cant result x pag
 
-    clPaginacion::Paginar($sql, $numPag, $limit);
 
-   
- clPaginacion.php
 
-    public static $result;
 
-    public static function Paginar($sql,$numPag,$limit) {
 
-       // nº de registro de inicio
 
-       $inicio = ($numPag-1) * $limit;
 
-       // 1ª consulta
 
-       $oStm = clDB::accederBBDD($sql,'ROWS');
 
-       // cuenta los registros
 
-       self::$iCantReg = $iRst = $oStm;
 
-       // carga una variable con la cant paginas
 
-       self::$fCantPags = ceil($iRst/$limit);
 
-       // sql 2ª consulta, agrega limites
 
-       $sql.=" LIMIT ".$inicio.",".$limit."; ";
 
-       // 2ª consulta y retorno de resultados
 
-       return clPaginacion::$result = clDBpdo::accederMySQL($sSQL,'fetch_all_assoc');
 
-   
- procArchivos.php
 
-    // los datos paginados para procesar
 
-    $arrayDatos = clPaginacion::$rResult;
 
-    // función que pinta el índice del paginador
 
-    paginador(parametros);
 
-   
- archivos.php
 
-    [resultados]
 
-    <paginador>