Cita:
Iniciado por PHPeros 
Yo ya me lo imagino
Esque si es un javascript tienes que hacer el include y ponerlo así:
Código PHP:
Ver originalecho "<script>";
echo include('include.js');
echo "</script>";
Saludos
Eso que recomiendas es pesima practica de programacion por 3 cosas:
1) Estas mezclando PHP con Javascript de una manera completamente innecesaria. No hay necesidad de hacer echo '<script>'
2) Lo que esta buscando el compañero es repetir el codigo, y lo que tu estas proponiendo es repetir mas codigo.
3) De la manera que lo recomiendas hacer, no se puede hacer uso del cache de los navegadores ya que los archivos son servidos dinamicamente.
Con respeto a la pregunta original:
Lo mas probable es que php este buscando los archivos.js en la carpeta equivocada. ¿Por que no intentas utilizar un sistema de plantilla como Twig o Smarty?