Cita:
Iniciado por dashtrash 
Repito, no es sólo una cuestión de gusto.Previene que caracteres en blanco extra al final de ficheros, inicien la salida HTML por lo que no es posible enviar posteriormente cabeceras.
Por eso, los ficheros donde nunca cierro con ?>, son en los ficheros de configuración.Se cargan antes que cualquier otra cosa.Un simple "enter" al final del fichero, o un espacio, puede darte un pequeño problema, que así te ahorras.
En un fichero cargado una vez que la salida HTML ya se ha iniciado, es cuando es simplemente una cuestión de gusto.
El unico IDE que tiene ese problema (y creo que ya lo solucionaron) es DreamWeaver.
Yo utilizo capifony/capistrano para mis deploys, cuando tienes tu presentacion y tu logica separada, el problema que tu mencionas simple y sencillamente no sucede.
Ahi la cuestion realmente ya no es de si es bueno o malo cerrar o no el script php, sino mejorar tu conocimiento de arquitectura de aplicaciones (y no hablo de TU conocimiento especificamente, sino en general).