1º. Runtime lo único que hace es ejecutar comandos/programas como si estuvieses en la consola del sistema operativo, por lo que no hay una lista de comandos propios, depende de tu SO y los programas que tengas.
2º Para interactuar con un programa mediante comandos, el programa tiene que admitir comandos. En el caso de word, dudo que haga mucho más aparte de abrir ficheros, en todo caso tendrás que buscar información sobre Word.
3º Para modificar ficheros de Word, lo habitual es utilizar librerías de java, como
http://poi.apache.org/