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Iniciado por AlanChavez 
El unico IDE que tiene ese problema (y creo que ya lo solucionaron) es DreamWeaver.
Yo utilizo capifony/capistrano para mis deploys, cuando tienes tu presentacion y tu logica separada, el problema que tu mencionas simple y sencillamente no sucede.
Ahi la cuestion realmente ya no es de si es bueno o malo cerrar o no el script php, sino mejorar tu conocimiento de arquitectura de aplicaciones (y no hablo de TU conocimiento especificamente, sino en general).
No entiendo qué tiene que ver qué IDE usas, con arquitectura de aplicaciones..Y qué tiene que ver la separación de presentación y lógica, con lo que estoy diciendo...Y, finalmente, si tienes la suerte de permitirte el lujo de siempre editar PHP desde dentro de un confortable IDE, estupendo..Pero eso no sustituye el conocimiento del lenguaje y del por qué de las cosas (o si..?)