Apache es un servidor web, no un agendador de tareas.
Podrias utilizar el servicio Scheduler de Apache Turbine como alternativa a cron, pero realmente... es mucho mas sencillo simplemente usar cron.
Cron es independiente de apache, corre por encima de apache es parte del sistema operativo.
La alternativa es que escribas un script php y lo corras como un daeomn: