En ese caso, al menos en MySQL, te conviene analizar ese tipo de cosas desde la base information_schema, que es donde están todos los descriptores de cada cosa (tablas, bases, columnas, indices, etc).
En ese caso, sí podrías usar sentencias preparadas parametrizables.
Como comentario, las herramientas que manejan las bases en la forma que describes, en el caso de MySQL, toman los datos de esa base, precisamente.
Base de datos INFORMATION_SCHEMA
En una ocasión tuve que preparar un proceso que verificara la base para asegurarme que no sufriera modificaciones, así como otro que verificara si se debían aplicar cambios si la versión de la base era obsoleta.
Todos los procesos que preparamos se realizaron con ese esquema.