Imagino que tienes un campo id de empresa en la tabla empresas_direcciones, aunque no lo veo en tu select. Debes agrupar por él. Lo he puesto como ed.id tras el GROUP BY, porque entiendo que así debería llamarse. Cambia el nombre por el que tenas. Te mostrará los datos sólo del primer registro de empresas que tenga el mismo id.
Código MySQL:
Ver originaled.nombre,
e.id,
e.id_empresas,
e.activo,
e.descuento,
e.limitaciones,
e.fecha_desde,
e.fecha_hasta
FROM empresas_direcciones ed
INNER JOIN empresas_descuentos e
ON e.id_empresas
= ed.id_empresas
AND e.activo
= 1 GROUP BY ed.id