Primero tus checkbox tendrían que llamarse de un modo que puedas acceder a todos los valores como un array con php:
Código HTML:
Ver original<input type="checkbox" value="39" name="IdPadre[]" /> <input type="checkbox" value="25" name="IdPadre[]" />
Entonces des de php puedes acceder a cada uno de los valores de los checkbox así:
Código PHP:
Ver original$_GET["IdPadre"][0]; //el primer valor del chechbox es decir 39
$_GET["IdPadre"][1]; //el valor del segundo chechbox que es 25
Y la parte de la consulta a MySQL no la he terminado de entender.
Saludos!