Mostrar HTML pero sin embeber ni mezclar PHP con HTML

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sea como sea, para trabajar con páginas dinámicas basadas en HTML y PHP debes asumir que ambos lenguajes, en algún punto, deberán trabajar juntos.

fueron pensados para que esto sucediera así.

por este motivo se suelen utilizar patrones de arquitectura tipo MVC.

de manera que en el modelo tienes las clases, en el controlador tienes un nivel intermedio entre el modelo y la vista y finalmente la vista tiene una mezcla de HTML, CSS y javascript con PHP, pero con poco PHP.

hacer un documento por cada cosa que hagas no es muy recomendable por lo que tengo entendido (cuestiones de diseño, mantenimiento, ...)

saludos :)