Complemento lo que pone Triby. Tu pusiste que te recomendaran de cualquier plataforma. Revisa el Ubuntu Studio, que sí es el sistema operativo pero puedes revisar el editor de video que trae y descargarlo.
http://ubuntustudio.org/tour/video/
Acá hay uno gratis para Win, pero no lee todos los formatos a menos que compres la versión completa.
http://www.serif.com/int/mx/freedown...ting-software/
Los conversores sí, solo corren en windows, pero otra vez
dices que cualquier plataforma. Lo que entendí es que tienes 3 computadoras a tu disposición.
La marca de agua la pones en el programa de edición de video. No en el convertidor. El convertidor que no pone marca de agua es uno bueno, no un vil demo.
Saludos
Seguramente te van a recomendar que uses el Premiere de Adobe o After effects, pero para estas cositas no vale la pena gastar tanto.