puedes usar el
norton safe web o el
webmaser tools
También si sabes en que fecha comenzó puede mirar por ftp los archivos modificados ese día. También deberías cambiar la clave ftp y la de mysql, etc, etc. Y recuerda que la mejor arma para proteger tu web es tener copias de seguridad. Hay pluguins que te hacen copias automáticamente de la base de dato y la web y te la guardan en dopbox.
Saludos