Vale muchas gracias ya lo he arreglado, que fallo mas tonto
Por si acaso le interesara alguna vez a alguien aquí está la solución:
Código:
function CalcularModificacion()
{
var total = 0;
var pago = 0;
var envio = 0;
var pagar = 0;
var certificado = parseInt(document.getElementById("Coste_Cert").value);
var envio1 = document.getElementById("envioemail").checked;
var envio2 = document.getElementById("envioordinario").checked;
var envio3 = document.getElementById("enviocertificado").checked;
var pago1 = document.getElementById("transf").checked;
var pago2 = document.getElementById("tarjeta").checked;
var pago3 = document.getElementById("paypal").checked;
var YaPagado = parseInt(document.getElementById("Ya_Pagado").value);
if (envio1 == true) {
envio = 0;
}else if (envio2 == true) {
envio = 4;
}else if (envio3 == true) {
envio = 6.5;
}
if (pago1 == true) {
pago = 0;
}else if (pago2 == true || pago3 == true) {
pago = certificado * 0.034;
}
total = certificado + envio + pago;
pagar = total - YaPagado;
total = total.toFixed(2);
pago = pago.toFixed(2);
pagar = pagar.toFixed(2);
envio = envio.toFixed(2);
document.getElementById("Coste_Envio").value = envio;
document.getElementById("Coste_Pago").value = pago;
document.getElementById("Coste_Total").value = total;
document.getElementById("Por_Pagar").value = pagar;
}