Vale muchas gracias ya lo he arreglado, que fallo mas tonto 
 
 
Por si acaso le interesara alguna vez a alguien aquí está la solución:  
Código:
 function CalcularModificacion() 
{
     var total = 0;
     var pago = 0;
     var envio = 0;
     var pagar = 0;
     var certificado = parseInt(document.getElementById("Coste_Cert").value);
     var envio1 = document.getElementById("envioemail").checked;
     var envio2 = document.getElementById("envioordinario").checked;
     var envio3 = document.getElementById("enviocertificado").checked;
     var pago1 = document.getElementById("transf").checked;
     var pago2 = document.getElementById("tarjeta").checked;
     var pago3 = document.getElementById("paypal").checked; 
     var YaPagado = parseInt(document.getElementById("Ya_Pagado").value);
    if (envio1 == true) {
        envio = 0;
    }else if (envio2 == true) {
        envio = 4;
    }else if (envio3 == true) {
        envio = 6.5;
    }
    if (pago1 == true) {
        pago = 0;
    }else if (pago2 == true || pago3 == true) {
        pago = certificado * 0.034;
    }
    total = certificado + envio + pago;
    pagar = total - YaPagado;
    total = total.toFixed(2);
    pago = pago.toFixed(2);
    pagar = pagar.toFixed(2);
    envio = envio.toFixed(2);
    document.getElementById("Coste_Envio").value = envio;
    document.getElementById("Coste_Pago").value = pago;
    document.getElementById("Coste_Total").value = total;
    document.getElementById("Por_Pagar").value = pagar;
}