Cita:
Iniciado por Alfonsoft 
También estoy usando en la web, en los enlaces internos unas veces el .es y en otras el .com, lo mismo, penaliza?,
Me ha llamado la atención esto que comentas, ¿por qué lo haces?
Lo ideal es que todos los enlaces internos vayan a la misma URL, en tu caso la que has hecho el dominio principal, el .com.
No obstante, esa práctica no penaliza, igual que tener dos dominios adicionales redirigidos a otro, tampoco.