Cuando tu modelo hace uso de una clase asociación, las relaciones se vuelven OneToMany/ManyToOne entre la clase asociación y las involucradas. Para tu caso especifico:
Responsable 1:N
TipoRelacion 1:N
Alumno 1:N
Relacion N:1 con las otras 3
Para duda o aclaraciones aqui por el foro o que leas la documentación de Doctrine:
http://docs.doctrine-project.org/en/...-mapping.html#