Ok, calma ^^
Intenta agregando una captura al evento keypress de los input donde ingresas Cantidad y Valor, de modo que cada vez que vayas escribiendo, vaya refrescando el valor de los inputs en la columna Total.
Algo como esto:
Código HTML:
<!-- esto es una fila -->
<input type="text" name="cantidad[]" id="cantidad_1" onkeypress="recalcular(1)" />
<input type="text" name="valor[]" id="valor_1" onkeypress="recalcular(1)" />
<input type="text" name="subtotal[]" id="subtotal_1" />
Donde la función recalcular() es JS y contiene:
1. La multiplicación de cantidad por valor, de la cual colocarás el resultado en el value de la casilla Total de la fila correspondiente (dada por el parámetro, en el ejemplo "1", porque es la fila "1").
2. La suma de las casillas Total. Ahí debieras realizar un loop por todas las casillas de Total, si las tienes en un array es lo ideal (como lo coloqué yo en el ejemplo).
En ese sentido, podrías reducir el tamaño de tu función multiplicar(), a que reciba sólo los valores a multiplicar de la fila seleccionada (de la fila donde estás escribiendo). Al final, la función recalcular() debiera simplemente llamar a multiplicar() (de la fila en curso) y a sumar().
Saludos!