problemas creo que con los includes...

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a ver amigo... una pequeña clase de Theme...

1º haces un fichero theme.php con tu theme, por ejemplo... una tabla con varias columnas, en este caso 2 o 3, si solo quieres hacer un menu a la izquierda o derecha usa 2 columnas, y 3 columnas si quieres dos columnas de menu como el Nuke.

2º dale las dimensiones oportunas... si la quieres a 800x600 pues la tabla total la tendras que dejar en 770 pixel de ancho, con los menus y todo...., supongo que en el centro te quedara suficiente espacio para tu web, ya que los menus, suelen tener de ancho de 100 a 150 pixel, por lo que te quedaria bastante bien.

3º ya tienes tu themplate hecho... ok, ahora es hora de hacer los bloques de los menus, para ello tendras que hacer una nueva page en php "menu.izq.php", esta nueva page, tb tendra una tabla, con el mismo ancho que tiene el bloque de menu, si dejaste 125 pixel, pues lo mismo, le dejas tb 125 pixel... eso si no usas bordes para las tablas... si usas bordes tendras que descontar esos bordes...

4º vale ya tienes el menu... por ejemplo..pone Home, Ayuda, vale, ok, ahora debes incluir ese menu en el theme.php, para ello, solo tienes que poner esta linea en el hueco de tu tabla, en el menu de la izquierda que estara vacio.

include("menu.izq.php");

vale... ahora si ejecutas el theme.php en tu servidor, veras como carga tu web + el menu de la izquierda...creo que todo esto ya lo sabias, pero bueno... perdona que no me exprese del todo correctamente, no tengo don de escritura.jeje

5º, bueno, pues ahora solo queda que Rompas por la mitad tu THEME, si señor, justo en la tabla Central que hiciste antes, la que esta en medio de los menus... el Home.

6º Separa ese campo, dejas la parte superior en un fichero como... theme.up.php y la parte inferior como theme.down.php...

ya lo tienes... lo unico que debes hacer para usarlo, es crear tus paginas he incluir al principio la parte superior, y cuando termines el fichero, incluyes la parte inferior... de esa forma tan facil puedes
empezar a hacer tus propios themes...

no se si lo explicado esta del todo claro,,, si quieres ver un ejemplo sin usar el odioso NUKE, yo te hago ahora mismo un Theme y te lo muestro.... un saludo... y aqui espero que te sirva de algo...