Bienvenido al foro.
Si partimos de la base de que en HTML5 puedes usar sin problema alguno un
iframe realmente tus problemas se terminaron ahí. Lo que no se usa y están obsoletos son los
frames, que de todas formas se han dejado de usar de forma general hace más tiempo ya, pero vamos, que son otra cosa.
Por otro lado, no veo que AJAX tenga que ver mucho con el problema. Es decir, si lo cargas mediante AJAX, estás con la misma duda: ¿lo cargo en un marco en linea? Realmente te quedas igual.
Si quieres usar
object no es muy complicado, tienes
un artículo de Adobe que lo explica un poco.
Respecto a lo de usar
canvas, pues dependerá de cómo sea tu película flash. De hecho si es un menú podrías hacerlo hasta con CSS. Como digo depende un poco.