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Iniciado por Benderzuelo 
yo lo pondría en el header pero de todos modos como tiene que ser unico si lo pusieras en el section estaria bien tambien.
Saludos
HTML5 nos habre mas posibilidades y el <h1> ya no tiene que ser unico en la pagina, puedes usar mas de uno, claro debes tener un html bien estructurado pero por ejemplo puedes usar un <h1> distinto por cada <article>, me parece que tambien puede ser por cada <section> y otros elementos.
En cuanto a la duda del compañero, el <h1> no es propio para usarlo con el logo, este colocalo directamente con <a><img /></a> .... si usas un <h1> para el logo pierde hasta cierto punto su finalidad y mas porque estas ocultando el texto cosa que no le agrada mucho a google según he leído.