No existe en InDesign alguna opción para construir un documento para la imprenta. O los haces CMYK desde el principio mediante fotos y colores en cuatricromía o no, así de simple.
Cuando conviertas el documento a CMYK, ya no te saldrá el aviso acerca de las transparencias, pues las mismas serán impresas sin problema en cuatricromia. Cuando utilizas colores en plasta o RGB, entonces las trasparencias saldrán mal impresas. Así que no te deberás de preocupar más si tu documento en CMYK.
Una manera sencilla de saber si tu documento está listo, es ver el submenú de "pre-flight" en la parte inferior de la ventana de InDesign. Si te marca "no errors", entonces está bien. Pero si no, corrige lo que haga falta. Por lo general eso sucede si alguna foto sigue en modalidad de RGB.
A la hora de exportar a PDF, tienes que mandarlo en la modalidad de "Press Quality". Por lo general yo tengo salvados diferentes opciones de impresión con sangrados de .5", 1", 1.5" etc. (los tengo en pulgadas pues trabajo en los EE. UU.), ve el ejemplo:
Este es un ejemplo de uno de mis trabajos, un folleto de tres paneles con dobleces.
Ojo, los dobleces NO LOS HACE InDesign automáticamente, únicamente hace las marcas de corte. Yo pongo aparte las marcas de dobles fuera de los sangrados en forma manual para que sepa el impresor donde tiene que hacer los dobleces (Folds).
Espero que esto resuelva tu problema
