Archivos no se ven bien en Ubuntu 12.04 (codificación UTF-8 o ISO)

[HackID1]

Hola a todos, No se si el foro debe ir en Unix/Linux o más en Php o asi. Si esta mal ubicado indicarmelo.

Bueno hasta ahora había creado varias páginas web pero todas las creaba en Windows7 con el Notepadd++ por ejemplo.

Bien las guardaba con su extensión dependiendo del archivo (.js , .php , .html) pero desde hace unos días estoy usando Ubuntu12.04. Y he pasado todos estos archivos de nuevo a mi S.O.Ubuntu, pero

No se visualizan correctamente algunos caracteres, :(

Da igual que le de editar y ver con programas como gedit, o bluefish, etc. pero algunos caracteres no se ven correctamente y en vez del caracter correcto (ejemplo $ o / ) me sale un cuadrito pequeño en su lugar..

He leido sobre esto y se debe a que en Windows se guarda en ISO, y en ubuntu en UTF-8 o algo así.

Como puedo solucionar esto ???? Muchas gracias a todos los que aporten algún dato para la solución.