Pues yo he hecho un par de pruebas y viendo los resultados lamento decirte que no se puede... (al menos yo no he podido).
Tanto si le pones una imagen transparente, como si le pones un color de fondo "transparent" con CSS, el fondo que se vería es el que tiene por defecto la pagina contenida en el iframe, es decir, el blanco
La unica opción que se me ocurre es que recortes con el photoshop u otro programa exactamente el trozo de imagen que correspondería al fondo de la página del iframe y que se lo pongas a esta como estático... con lo cual si modificas el contenido de la principal ya no se ajustaría, así que no es muy util.
Lamento no poder ayudarte más, saludos!