Lo que más se usa es redirigir todo lo que no sean dicheros CSS, JS, o imágenes (u otros recursos) a index.php, y allí tener una clase enrutadora que procese la URL que llega, y sepa a qué PHP derivar para mostrar resultados.
Eso rompe la filosofía de "si la url es
www.pagina.com/parte1/articulos.php, yo sé que hay un archivo articulos.html en una carpeta que se llama parte1.
Con enrutamiento, ni existe la carpeta parte1, ni probablemente exista el fichero llamado articulos.html.
Es un paso mas allá en convertir los enlaces a urls amigables, y el que se usa en el patrón MVC.