Hola de nuevo,
Me auto-respondo a una de las dudas que tenía.
Para que me salga la alerta cuando estoy en una página cualquiera y a través de un enlace accedo a la página que contiene dicha alerta, he tenido que poner la etiqueta "a" de la siguiente manera:
<a href="productos.html" data-ajax="false">Productos</a>
He tenido que añadir la parte de data-ajax="false" para que me salte la alerta al ir de una página cualquiera a la página que contiene dicha alerta.
Lo que sigo sin entender es el tema de pq no salta la alerta si tengo puesto al principio de mi script :
$(function () {
});