revisa la informacion de php sobre la funcion fopen y el segundo parametro del mismo, que lo que hace es la forma de abrir el archivo.
Lo que deberias hacer son tres pasos:
Cita: 1- Obtener el archivo entero con el parametro de solo lectura puntero al principio del archivo.
2- Una vez lo tengas cargado en una variable procesarlo y cambiar lo que necesites.
3- Despues de que tengas el resultado modificado volver a escribir el archivo.