Derby - Uso general

[ico87]

Hola, estoy usando por primera vez esta base de datos embebida, pero me esta dando algunos problemas y entiendo que es porque no la uso correctamente.

Mi problema es que necesito poblar la base de datos, y para ciertas cosas lo hago mucho mas facil desde codigo java, y para otras desde el "asistente" que trae netbeans en la pestaña "servicies" para tratar la base de datos. Pero si intento usar ambas cosas (no a la vez, sino alternativamente) me da un error al intentar conectar con la base de datos y me dice que debe de haber otra instancia usando la base de datos que si no es asi que borre el archivo "db.lck", si lo borro, vuelve a funcionar. Pero si vuelvo a usar la base de datos desde Java, cuando vuelvo de nuevo a usarla desde la "servicies" de Netbeans ya ni me conecta, ni me da la opcion de borrar este fichero, si no que me dice que esta corrupta... ¿Alguna idea de cual puede ser el problema o de cual es la metodologia mas apropiada para que no ocurra esto?

Espero haberme explicado
Saludos