Te dejo este ejercicio que hice, a ver si te sirve:
    
Código PHP:
Ver original- <?php 
-   
- $xml = '<mensajes> 
- <mensaje> 
- <nombre>luis</nombre> 
- </mensaje> 
- <mensaje> 
- <nombre>pedro</nombre> 
- </mensaje> 
- </mensajes>'; 
-   
- $doc = new DOMDocument(); 
- $doc->preserveWhiteSpace = false; 
- $doc->loadXML($xml); 
- $mensajes = $doc->getElementsByTagName('mensajes')->item(0); 
- $xpath = new DOMXPath($doc); 
- $q = $xpath->query('//nombre[text()="luis"]'); 
- $mensajes->removeChild($q->item(0)->parentNode); 
- echo $doc->saveXML(); //aquí está tu XML ( $doc->saveXML() ), faltaría guardarlo nada más.