Java no es como en C
Resumiendo muchísimo: Los tipos básicos en Java se pasan por valor, los objetos por referencia, los arreglos (el array típico) va por valor (ojo, que ArrayList es una clase y por lo tanto van por referencia).
En cualquier caso, intenta que tus metodos devuelvan el elemento que modifiquen en el "return".
http://www.consultoriajava.com/publi..._tipicos.shtml