Hola buenas, el tema de que me saliese el código raro es porque la sentencia estaba mal, no habia puesto la base de datos.
He mirado el artículo asi por encima pero no es para PHP.. Bueno cuento mi breve avance.
He modificado el código:
Código PHP:
echo "Su base está siendo salvada.......";
system("mysqldump --host=localhost --user=root --password=260889 nfc > nfc.sql");
echo "Compresión del archivo.....";
system("gzip nfc.sql");
echo "Fin. Puede recuperar la base por FTP";
ahora si se me crea el archivo... pero en blanco!! permisos de escritura si tengo