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[nksn]

los trabajos de transferencia tienen tiempos de ejecución mas "largos", por defecto en PHP el tiempo máximo de ejecución es de 30 segundos, una vez superado se "mata" el proceso y se retorna un error, para que esto no suceda se tienen que agregar algunas configuraciones previas

ignore_user_abort(true);

Esta función se encarga de evitar que la ejecución se interrumpa (aun cuando el cliente cierre la ventana del navegador o refresque la pagina)

set_time_limit(0);

Esto hace infinito el tiempo de ejecución (esto puede causar hilos "zombies" si tienes un loop mal programado, por eso el hecho de tener cuidad con lo tiempos de ejecución infinitos)


cambiando un poco el tema:

Si son transferencias que solo "el administrador" realiza puedes hacerlo directamente desde la consola, como mencionaron arriba, SSH puede transferir archivos de servidor a servidor sobre su mismo protocolo

si son trabajos en modo "background" (segundo plano), puedes usar Python para rutinas de sincronizado, este ultimo requiere un nivel moderado de conocimiento, ya que se usan protocolos, puertos y un indice para ver el estado de los archivos