si no te he entendido mal:
Supongo que con que incluyas el logo en la cabecera y dejes que sobresalga por abajo, le das margen: 0 auto; y ya tendría que funcionar.
Algo así sería:
#all{
position:relative;
}
#cabecera{
min-width:980px;
height:80px;
background-color:#1C6480;
margin-bottom:30px;
position:relative;
z-index:1000;
}
#logo{
width:211px;
margin:0 auto;
height:166px;
z-index:3000;
}
#contenedor{
width:980px;
margin:0 auto;
background-color:#C4E4FF;
height: 500px;
}
#pie{
min-width:980px;
height:80px;
background-color:#1C6480;
margin-top:30px;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="all">
<div id="cabecera">
<div id="logo">
<img src="logo.png" width="211" height="166" /></div>
</div>
<div id="contenedor">
</div>
<div id="pie">
</div>
</div>
</body>