Si he entendido bien, quieres que cuando la página que contiene el iframe que nos has contado, las sesiones desaparezcan ¿no?.
Una solución sería incluir el logout a la página contenedora. De esa forma, cuando se acceda a la página, siempre estará sin loguear pero una vez te loguees, como estarás navegando por el iframe, no te borrará las variables de sesión.
Código PHP:
Ver original<?php
require_once(logout.php);
?>
<iframe...
Entonces dentro del iframe no necesitas logout, simplemente con un link con target top ya te saldría.
Saludos.