Oh, ya entiendo.
Entonces si te toca investigar bastante sobre como ejecutar otros procesos mediante PHP, y sobre todo, poder detenerlos a voluntad. Yo nunca lo he hecho así que de pronto no podría ayudarte.
Lo único que se me ocurriría, es usas un único script de python y que tome dichos argumentos de un archivo de configuración o base de datos, así desde PHP únicamente alteras los parámetros pero no la ejecución del proceso en si.