Exacto, los compañeros aquí tienen razón, sobreescribes el resultado del sql query. Prueba con este código, no lo he probado, pero debería funcionarte.
Código PHP:
$result1 = mysql_query("SELECT * FROM delegaciones where activo='1'");
while( $row1 = mysql_fetch_array($result1) ) {
echo ''.utf8_encode($row1["comunidad"]).'';
$comunidad = $row1["comunidad"];
$result2 = mysql_query("SELECT * FROM delegaciones where comunidad='$comunidad' ");
while( $row2 = mysql_fetch_array($result2) ) {
echo '<li>'.utf8_encode($row2["nombre"]).'</li>';
echo '<li>'.utf8_encode($row2["direccion"]).'</li>';
echo '<li>'.utf8_encode($row2["ciudad"]).'</li>';
echo '<li>'.utf8_encode($row2["provincia"]).'</location>';
echo "<br/>";
echo "<br/>";
$idpagina = $user_ok["iddelegacion"];
}
}