la verdad estas tan enredado que no creo que te respondan.
Esto es lo que dice la wikipedia
Una cookie (o galleta informática) es una pequeña información enviada por un sitio web y almacenada en el navegador del usuario, de manera que el sitio web puede consultar la actividad previa del usuario.
Sus principales funciones son:
Llevar el control de usuarios: cuando un usuario introduce su nombre de usuario y contraseña, se almacena una cookie para que no tenga que estar introduciéndolas para cada página del servidor. Sin embargo, una cookie no identifica solo a una persona, sino a una combinación de computador-navegador-usuario.
Conseguir información sobre los hábitos de navegación del usuario, e intentos de spyware (programas espía), por parte de agencias de publicidad y otros. Esto puede causar problemas de privacidad y es una de las razones por la que las cookies tienen sus detractores.
Originalmente, sólo podían ser almacenadas por petición de un CGI desde el servidor, pero Netscape dio a su lenguaje Javascript la capacidad de introducirlas directamente desde el cliente, sin necesidad de CGIs. En un principio, debido a errores del navegador, esto dio algunos problemas de seguridad. Las cookies pueden ser borradas, aceptadas o bloqueadas según desee, para esto sólo debe configurar convenientemente el navegador web. http://es.wikipedia.org/wiki/Cookie_...m%C3%A1tica%29 
como vemos las cookies NO SE INSTALAN, ellas se instalan solas o no dependiendo de LA CONFIGURACION DEL NAVEGADOR
OJO que TAMBIEN HAY EXCEPCIONES QUE CONFIGURAS.
tu dices Tengo un sitio web joomla, en el que he instalado un aviso de cookies que encontré por la web.
eso solo sirve para tu web o dominio no para otros como google pues ellos manejan sus cookies.
aunque tengas el codigo de youtube en tu web el navegador lo que hace es conectarse a youtube y este le pasa las cookies para su dominio
http://youtube.com/ por eso aun con el codigo de tu web siempre se instalarán.
ademas que para bloquear las cookies por el navegador debes borrar las que ya tienes.
P.D. Como las sesiones o login's se hacen por cookies no podras ver nada que necesite logueo, por eso son casi indispensables