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Iniciado por newalex 
¿al igual como con las url con www o sin www; google considera estas dos urls distintas y con el mismo contenido ?
¿ hago la redireccion ?
No debes hacer ninguna redirección, ya que misitio.com y misitio.com/index.php es lo mismo, ya que los archivos denominados "index" ya sea .php o .html como cualquier otra extensión, no aparecen al buscar el dominio raíz o carpeta, ya que se sobreentiende.
Esto que hablamos no tiene nada que ver con los dominios con www y sin www, donde sí es necesario hacer una redirección vía .htaccess para hacer saber a Google cuál es el dominio preferido.