Hola:
Hay miles y miles de discusiones y opiniones comparando java y php. En cualquier caso, aunque es posible hacer cualquier aplicación con cualquier lenguaje, cada lenguaje está pensado para determinadas cosas.
En mi opinión, es cierto que php está pensado para hacer sitios web, mientras que java es más general y sirve para sitios web y aplicaciones de escritorio. Lo de aplicaciones empresariales se refiere a aplicaciones muy grandes con muchas cosas, que son las típicas que se usan en las empresas y no los particulares en su casa.
La diferencia fundamental entre uno es que java sí es más adecuado para grandes proyectos (me refiero a un grupo de desarrolladores grande desarrollando un proyecto durante varios años), mientras que php es más adecuado para sitios web con cosa estilo foro, blog, wiki, etc.
En mi opinión, hay dos motivos para ello. Uno es que java es fuertemente tipado, por lo que facilita mucho a un desarrollador entender y modificar el código hecho por otro, ya que todos los tipos de todas las variables y objetos están claros, qué métodos tienen, atributos, etc, etc. En php es más complejo, ya que si en una función recibes un parámetro, no tienes ni idea de qué tipo es ese parámetro (si es un entero, un string, una lista o una clase), por lo que si el código es de otro, tienes que andar buscando más para ver qué te están pasando, salvo que el que haya desarrollado ese código se haya molestado en documentar de qué tipo es cada parámetro.
El segundo motivo es que en java hay miles de librerías para todo tipo de cosas (librerías gráficas en 3d, de acceso a base de datos, web services, sockets, aplicaciones distribuidas en varios servidores, etc, etc...). En php también hay muchas librerías, pero están mas orientadas a los problemas específicos de sitios web (generar excel para descargar o interpretar uno que se sube, etc, etc).
En su día hice una compartiva entre jsp y php (jsp es la parte java equivalente a php, y es sólo una parte de java)
http://www.chuidiang.com/java/herramientas/maven.php
Se bueno.