Hola:
Ahí el problema es que el html estático tiene código javascript que se ejecuta y es el que completa la página. Tu código java coge el html estático y no ejecuta el javascript, por lo que no se completa el resto.
No estoy seguro, pero la librería HTMLUnit
http://htmlunit.sourceforge.net/ si carga el html estático, ejecuta el javascript y te acceso a los resutlados. Echale un ojo a ver si con ella es más fácil.
Se bueno.