No termino de entender el problema
Cita:
Iniciado por Linton 
1. Cuando son tantas, ¿es aconsejable poner todas las fotos en un solo archivo, o conviene repartirlas en dos o más?
Te refieres a crear un sprite con mil fotos? O diciendo "archivo" te refieres a una carpeta?
Para acceder a la carpeta via ftp puedes tener problemas si son muchisimas fotos (5000 por ejemplo). No influye en el rendimiento de la web. Vuelvo a poner de ejemplo mi web www.milfondos.es. En una carpeta tengo casi 50 000 imágenes con tamaño muy grande y pesan en total unos 70GB y eso no causa ningún problema
Cita:
Iniciado por Linton 2. Si pongo las fotos reducidas en un archivo y las copias aumentadas en otro, ¿se ralentiza la carga?
No veo logica en la pregunta. Tenemos una página con miniaturas, por ejemplo 30 fotos por página con imágenes pequeñitas, pulsando sobre la miniatura cargamos ya la imágen grande. ¿Como pueden influir las miniaturas en el tiempo de carga de las imágenes grandes?
Por ejemplo tenemos fotos de tamaño 840 x 600, las metemos en la carpeta "grandes".
Creamos otra carpeta llamada "miniaturas" con las mismas imágenes pero con tamaño reducido (por ejemplo 250x180) para la previsualización.