Hola,
Posiblemente, esta una pregunta de base de datos mas que de Hibernate.
Cita:
Iniciado por ProgramadorJunior 
... Como véis tengo una tabla donde almaceno todos los registros "anulados" y a su vez cada tabla tiene una foreign key que apunta a un registro en Registros_Anulados. ...
El problema es que esa relación no es válida en un diagrama relacional, sin un discriminador intermedio; es decir, ¿cómo sabes a que tabla pertenece el registro anulado? Si en esta última es posible meter registros duplicados de las dos tablas. Normalmente, aunque no es regla, se llaman tablas de movimientos y no creo que sea adecuado usar un ORM para tablas de movimientos no relacionadas.
Yo aconsejaría que preguntaras como realizar esa relación correctamente el el área de base de datos y después lo resuelvas en Hibernate.
Saludos,