¿Tienes dso identificadores para Preguntas? (ID , IDPregunta)
Lo puedes hacer de varias formas, una de ellas sería coger el identificador de la pregunta del Usuario y recuperar los valores de la tabla de esa pregunta, y de ambas recuperar las respuestas y comprar con ellas.
Otra forma seria unir las tablas con un JOIN, de manera que tendrás las dos tablas juntas y una vez hecho eso es ir leyendo Usuario, ver que pregunta es que ha contestado y que es lo correcto.
Esta es la forma en la que lo haría yo con esas tablas.
Código PHP:
$sql="SELECT * FROM Respuestas r JOIN Preguntas p ON (r.IDPregunta = p.IDPregunta) where (r.IDTest = '$IDTest' AND r.Usuario = '$usuario' )";
Así tendrías todo junto, ahora solo tendrás que comparar, no se si esto te servirá pero es la idea que se me ocurre, la otra de ir recuperando de una tabla y buscar en otra el final es pesado para la máquina, las BBDD no se especialmente rápidas.
Espero que te sea de ayuda