Técnicamente mi comentario no te ayudará mucho, ya te aviso.
Lo primero a tener en cuenta es que estás hablando de un software que tiene 13 años de antigüedad (del 2001), incluso previo al
boom de "las .com", eso de web 2.0 ni existía y las webs se hacían con tablas, tampoco existía Dreamweaver y Google aún leía las metaetiquetas. Fíjate si han habido otoños desde entonces.
No puede ser que en el año 2014 alguien pida que una web funcione en IE6. Es una cuestión atemporal. ¿Qué razón te da para que eso sea así? Encontrar a alguien que use IE6 es casi un milagro, a menos que viva en China.
No se puede hacer una web moderna que funcione en IE6. Seguro que creas un agujero en el espacio-tiempo si haces algo así.
De hecho en las últimas versiones de jQuery quitaron el soporte incluso para IE8. Yo personalmente lo hubiese incluso quitado hasta para IE9.
Yo veo ahí las siguientes opciones, o le haces una web de
la época de IE6 o le haces una web con un soporte RAZONABLE. Ambas cosas se me hace más complejo incluso que hacer dos webs independientes.