Comparar registros de dos consultas.

[Libras]

se debe a como lo mencione que son tablas temporales que solo "viven" dentro de la sesion que las manda llamar, cuando usas querys dinamicos las tablas temporales se ejecutan en la sesion que manda llamar al query dinamico y se eliminan una vez que ejecutas algo despues de esto, para solucionar esto puedes hacer lo que hiciste metiendo todo en un solo query o usando ## para las tablas temporales, te recomiendo leer un poco sobre tablas temporales y su uso-tiempo de vida en sql server :)