¿No es detectado por quién?
Es un hecho que la versión php-cli no es la misma que necesitas para ejecutar scripts vía web, que en todo caso sería php-cgi, sin embargo no eres claro al respecto de cómo es que verificas la presencia de php en el sistema.
A decir verdad es imposible para nosotros leer tu mente o adivinar el proceso por el cual te has dado cuente del problema, sería muy inteligente de tu parte compartir más información, ¿no te parece?