Paquetes con Jcreator?

[bibliotecario_oscuro]

si abres el proyecto directamente si utilizar el IDE asi es hay una carpeta que te guarda las clases y eso pero si lo abres desde el IDE te muestra el paquete y dentro de este esta la clase o la interfaz grafica si es que incluiste un JFrame.

Ahora sobre lo que te refieres de los 2 ficheros no se si te refieres a las vistas del IDE ya que generalmente hay una vista de diseñador y la otra de codigo (Design y Source) para ver la interfas grafica y el codigo fuente cuando se tratan de JFrame pero si es una clase sin interfaz grafica solo esta la de codigo (Source).

Espero que te halla ayudado esto y no te halla revuelto mas.
Saludos y mucha suerte.